Разработан метод расчета оценок первичных связей по оценкам наблюдений в многофакторной системе взаимодействий. Экспертные данные формализованы с помощью схемы взаимодействий, использующей линейные операции. Для расчета матрицы полных влияний на основе наблюдаемых данных применен метод наименьших квадратов. Расчет весов первичных связей производится с помощью обратного преобразования первичных связей к полным. Приведен пример расчета коэффициентов полного взаимного влияния факторов и оценок косвенного влияния, что позволило получить качественную оценку системного воздействия для примера экспертной модели автономного развития экономической системы.