Приведены промежуточные результаты исследований по рациональной реконструкции и концептуальному описанию содержания научного направления "идентификация систем" в целом. В частности, на основе современных представлений о понятии "метод" задается конкретное содержание понятия "метод организации идентификации". Приведен список основных трудных проблем идентификации систем. Фиксировано в вербальной форме содержание трех трудных проблем. Статья содержит 10 ссылок.