В настоящие время наиболее актуальным подходом в развитии агропромышленного ком-плекса (АПК) является экологический системный подход к управлению агроценозами. Модификация такого подхода возможна с использованием биотехнологических решений, в частности, управления путем внедрения в агроценоз новых элементов – биотических (бактерии и грибы), или же абиотических (химические вещества). Целью данного исследо-вания является построение модели управления свойствами фитоценоза в интрузиях на ос-нове воздействия на критические консортные связи. В работе описано построение модели системной динамики агробиоценоза на основе аппарата взвешенных ориентированных гра-фов с элементами сценарного анализа.