Рассмотрены некоторые виды взаимодействия пар проектов внутри формируемого портфеля. Эта перекрестная взаимосвязь может быть технологическая, ресурсная, вероятностная, бюджетная и т.п. Бинарное взаимное воздействие проектов по вероятности в рамках портфеля приводит к синергетическому эффекту: совместное осуществление двух и более проектов может усилить (или ослабить) их результирующий эффект. Приведен подход к анализу таких взаимных воздействий – cross-impact (анализ взаимовлияний) в виде логистической модели. В этих условиях сформулирована задача отыскания совместных значений вероятностей технического успеха реализации инновационных проектов внутри портфеля, которая является неустойчивой к возмущениям исходных данных, известных с некоторой погрешностью. Для ее решения используется соответствующий специфике регуляризованный метод Ньютона.