В статье представлены онтологически-ориентированные методы создания интеллектуальной информационной среды инженерного взаимодействия при управлении крупномасштабными организационно-технологическими комплексами. При этом, процессы развития организационно-технологических комплексов анализируется в рамках системной парадигмы, а результаты этого анализа фиксируются в виде описания некоторой системы, обладающей целенаправленностью на уровне элементов, определяемых как онтологические модули.