Системные трансформации происходящие в отечественной социально-экономической системе, диверсификация источников экономического роста, требуют не только оптимизации ресурсов и мобилизации потенциалов инновационного развития страны, но и системной трансформации институциональной среды, направленной на создание эффективных рамочных условий развития инновационной системы. В статье проведен анализ влияния институциональных изменений на инновационное развитие. Иностранные институциональные исследования имеет абстрактно-методологический характер, учитывающий в большей степени рыночные реалии развитых рыночных социально-экономических систем и не учитывают национальные особенности развития российской социально-экономической системы. Переход отечественной социально-экономической системы от командно-административной к рыночной требует изучения влияния институциональных изменений на социально-экономические, политические отношения, процессы, формирования национальной инновационной системы. Это необходимо для формирования методологических подходов направленных на повышение конкурентоспособности отечественной экономики на основе инновационной модели развития. Ключевые слова: инновации, инновационные развитие, инновационная система, развитие, экономическая система.