48203

Автор(ы): 

Автор(ов): 

6

Параметры публикации

Тип публикации: 

Статья в журнале/сборнике

Название: 

Взаимодействия белок-ДНК: статистический анализ межатомных контактов в большой и малой бороздках.

DOI: 

10.18699/VJ17.309

Наименование источника: 

  • Вавиловский журнал генетики и селекции

Обозначение и номер тома: 

Том 21, № 8

Город: 

  • Новосибирск

Издательство: 

  • Институт цитологии и генетики СО РАН

Год издания: 

2017

Страницы: 

887-894
Аннотация
Взаимодействия между белком и ДНК по существу лежат в основе всех процессов, происходящих в живой клетке. Познание принципов специфического распознавания сайтов ДНК позволит понять, как управляются эти процессы, и даст возможность сознательно вмешиваться в управление ими. В работе изучены методом Вороного–Делоне контакты белок-ДНК на атомном уровне в структурах 3518 комплексов из PDB (все имеющиеся на май 2017 г.), содержащих как белковые цепи, так и ДНК. Метод не содержит параметров и позволяет однозначно выявлять непосредственные контакты между атомами и характеризовать каждый контакт, помимо расстояния между атомами, площадью контакта, определяемой соответствующей гранью полиэдра Вороного. Показано, что большая часть контактов образуется между атомами белка и атомами сахарофосфатного остова ДНК (72.9 %). На контакты с атомами нуклеиновых оснований, выходящих в бороздки ДНК, приходится для большой бороздки 17.0 % и для малой бороздки 10.1 % от всех атомных контактов. Суммарно на взаимодействия между атомами белка и атомами нуклеиновых оснований приходится 27.1 % всех атомных контактов. Анализ площади доступной поверхности атомов большой и малой бороздок показал, что она коррелирует с числом контактов (коэффициенты линейной корреляции 0.94 и 0.93 соответственно), однако атомы нуклеиновых оснований, образующие водородные связи, контактируют чаще, чем этого можно было ожидать из статистических соображений. Показано, что конформационно-стабильные пептиды достаточно часто встречаются в областях связывания с ДНК. Анализ остатков в предопределенной конформации в 3518 комплексах белок-ДНК выявил 159 аминокислотных остатков в предопределенной конформации β-изгиба типа I, 15 остатков в конформации β-изгиба типа I’, 6 остатков в конформации β-изгиба типа II. Остатков в конформации β-изгиба типа II’ найдено не было. Анализ контактов показал, что такие остатки практически не образуют контактов с ДНК. Контакты с атомами нуклеиновых оснований найдены только в двух гомологичных структурах 3qea и 3qe9, где атомы треонина образуют контакты с атомами нуклеиновых оснований АТ-пары.

Библиографическая ссылка: 

Анашкина А.А., Кузнецов Е.Н., Туманян В.Г., Есипова Н.Г., Батяновский А.В., Урошлев Л.А. Взаимодействия белок-ДНК: статистический анализ межатомных контактов в большой и малой бороздках. // Вавиловский журнал генетики и селекции. 2017. Том 21, № 8. С. 887-894.