В рамках разработки программного обеспечения для моделирования обучения нейрочипов был проведен сравнительный анализ трех программных пакетов для работы с искусственными нейронными сетями в задачах классификации: ANNBuilder - оригинальной разработки для целей автоматизации моделирования обучения нейрочипов, восстанавливающих поврежденную нервную ткань и пакетов MatLab и Statistica. Проведена серия из 10 вычислительных экспериментов по обучению искусственных нейронных сетей на сгенерированных обучающих выборках и проведен статистический анализ результатов этих экспериментов с целью выявления статистически значимых различий между ними для выбранных программных пакетов. В большинстве случаев наилучшие результаты обучения искусственных нейронных сетей показал программный пакет ANNBuilder. Сравнение ANNBuilder с вышеуказанными программными пакетами проводилось для оценки результатов выполняемого обучения и выбора базисных показателей обучения нейрочипов. Реализованные алгоритмы обучения искусственных нейронных сетей в пакете ANNBuilder могут быть использованы для создания базисных показателей обучения эволюционных алгоритмов в системах автоматизированного моделирования обучения нейрочипов, восстанавливающих нервную ткань.