Представлены результаты сравнения алгоритмов анализа вызванных потенциалов головного мозга, используемых при конструировании интерфейсов мозг-компьютер. Для проведения вычислительных экспериментов были взяты алгоритм преобразования Фурье; алгоритм Multivariate Synchronization Index (MSI) в различных модификациях: анализ исходного сигнала, анализ накопленного вызванного потенциала и спектра накопленного вызванного потенциала; линейная корреляция с анализом по эталонному образцу сигнала полученного с «пользователя», различные варианты вейвлет-фильтрации. При этом применялись модельные сигналы, представляющие собой сложение белого шума и гармонического колебания, имитирующего стабильный зрительный вызванный потенциал. Наиболее устойчивые результаты (c числом ошибок < 10 %) для 3-х секундной эпохи анализа продемонстрировали MSI исходного сигнала, MSI результатов преобразования Фурье, MSI где эталоном выступал результат фильтрации вейвлетом когерентного накопления, коэффициент линейной корреляции и MSI где эталоном был восстановленный после вейвлет-преобразования ВП.