Приводятся ключевые гипотезы исследований в области разработки научной методологии структурной идентификации. Раскрывается базисное содержание междисциплинарного понятия о рациональной структурной идентификации. Обсуждается проблема разработки и исследования методов выбора наиболее предпочтительной модельной структуры из заданного набора модельных структур. Приводится обоснование необходимости развития междисциплинарных прикладных исследований по структурной идентификации для цели создания реальных систем автоматического управления.