Основными принципами функционирования системы управления регионального инновационного развития должны стать: основа всех управленческих решений - ориентация на повышение качества жизни населения региона; целенаправленное и эффективное управление на основе стратегического планирования и инновационного менеджмента, стимулирование к приобретению инноваций; научный, комплексный и методический подход к развитию; инвариантность инновационного развития; многообразие организационных форм деятельности, делегирование и разделение полномочий при формировании и реализации инновационных программ; генерация конкурентных преимуществ региона; комплексность и интеграция; внутриведомственная, межотраслевая, межведомственная, межтерриториальная и пр. интеграция, координация, кооперация; организация открытого информационного пространства региона, обеспечивающих автоматизацию, координацию и информационные потребности участников. Инновационное развитие региона позволит переориентировать систему управления на достижение общественно значимых результатов деятельности, ввести рыночные механизмы в степени, необходимой для эффективной работы и обеспечения интенсивного развития, стимулировать развитие науки и производства, ориентированных на человека, развивать оптимальные финансово-экономические и организационно-управленческие технологии, максимально способствующие поступательному развитию региона.