Разработаны основы целостного подхода к совершенствованию инновационной системы на примере оборонно-промышленного комплекса (ОПК) России. Целостный подход включает в себя элементы системного, синергетического и геотрионного подходов. Этот подход содержит концептуальную, моделирующую - проектирующую и реализующую части, а также принципы, механизмы и технологии совершенствования управления инновационной системой в России. ОПК России является земным объектом - комплексом комплексов, который предлагается создавать не только с помощью современного системного технологического уклада, который по преимуществу относится к индустриальному обществу. Здесь к системному подходу добавляются элементы двух новых технологических укладов: экономики, основанной на знаниях и на гармонизации общества. Второй синергетический подход по преимуществу относится к постиндустриальному обществу. Третий только еще формирующийся геотрионный подход по преимуществу относится к обществу устойчивого гармонического развития. Подобные объекты названы русским ученым Н.Д. Матрусовым геотрионами [5], состоящими из: людей, хозяйства и окружающей среды (природы, территории, внешних взаимодействующих и противодействующих систем). Методика же управления геотрионами названа целостным подходом. Без гармонизации страны невозможно реализовать в России экономики, основанной на знаниях.