Описывается автоматизация управления движением морского подводного объекта по заданному маршруту в пространстве средствами разрабатываемого программного обеспечения с применением методов полномасштабного имитационного моделирования и теории управления сложными динамическими объектами. Рассмотрены проблемы, возникшие во время разработки, и пути их решения, приведен анализ перспектив дальнейшего развития разработанной системы. Приведены результаты работы приложения в рамках реального проекта при решении задачи реализации маршрута за допустимый интервал времени движения.