Предлагается классификация аминокислотных остатков по признакам контактов аминокислот белков с нуклеотидами ДНК. Аминокислотные остатки обладают множеством различных свойств и функций, и могут одновременно принадлежать к разным классам. Поэтому в работе рассматриваются классификации с разными типами размытости. Для определения количества и площади контактов каждой аминокислоты с каждым нуклеотидом в 1937 комплексах использовали разбиение Вороного-Делоне. Задача классификации аминокислотных остатков с разными типами размытости решалась с помощью общего вариационного подхода. Было показано, что около 30% всех контактов между аминокислотами и нуклеотидами в комплексах белок-ДНК являются неслучайными. Методами четкой классификации показано существование инвариантов кластеризации аминокислот. Методами размытой классификации показано, что классификация аминокислот на шесть классов является оптимальной для задачи белок-нуклеинового распознавания.