Рассмотрены проблемы управления фундаментальной наукой в связи с переходом институтов РАН в подчинение ФАНО, с точки зрения наблюдаемости и управляемости, с учетом ограниченных когнитивных возможностей вышестоящих уровней управления. Также рассмотрены проблемы определения потребных объемов финансирования и контроля результативности, порождаемые непрозрачной структурой российской науки, обоснована целесообразность четкого выделения фундаментальных и прикладных исследований, теоретических, экспериментальных научно-исследовательских работ и содержания экспериментальной базы.