Предмет. В работе исследуются вопросы эффективности реализации комплексов природоохранных мероприятий на региональном уровне. По аналогии с определением системы экологического менеджмента предприятия, приведенному в ГОСТ Р ИСО 14001:2007 «Системы экологического менеджмента. Требования и руководство по применению», вводится понятие региональной системы экологического менеджмента, обоснуется возможность и целесообразность оценки эффективности региональных систем экологического менеджмента по отношению в некоторому эталонному региону-лидеру. Методология. Для решения задачи оценки сравнительной эффективности региональных систем экологического менеджмента предлагается использовать методологию анализа среды функционирования (Data Envelopment Analysis) и развитой аппарат непараметрических методов оптимизации. Основным преимуществом предлагаемого подхода является его комплексность и отсутствие необходимости детализации производственных процессов на уровне отдельных продуктовых систем, как это требуется в методах оценки жизненного цикла продукции и услуг (Life Cycle Analysis). Приведена формулировка ориентированной по выходам задачи анализа среды функционирования с постоянной отдачей на масштаб, в которой в качестве единственного входа рассмотрены суммарные затраты на охрану окружающей среды за исследуемый период (2004-2012), а в качестве выходов – сокращение основных негативных экологических эффектов по отношению к базовому уровню. Результаты. Предложенный подход апробирован на решении задачи оценки сравнительной эффективности региональных систем экологического менеджмента регионов Южного Федерального округа (в границах до 2014 года). Выявлено, что наиболее эффективной в течение исследуемого периода может быть признана региональная система экологического менеджмента Республики Адыгея, позволившая достичь наибольше сокращения негативных экологических эффектов при наименьших затратах. Выводы. Предложенный метод может быть использован для повышения качества управленческих решений в задачах регионального экологического менеджмента.