Новая версия стандарта ИСО 14001:2015 усиливает требования к региональному контексту деятельности компаний, которые теперь при разработке и реализации своей экологической политики должны ориентироваться, в первую очередь, на решение наиболее важных экологических проблем региона. Учитывая тот факт, что в отраслевом разрезе уровень проникновения стандарта ИСО 14001 наиболее высок на предприятиях энергетики, актуализируются научные задачи разработки методов согласования экологических приоритетов энергетических компаний и региональных социально-экономических систем, на территории которых они функционируют. В настоящей работе предложен двухшаговый метод непараметрической оптимизации, в котором задача повышения эффективности деятельности электрогенерирующего предприятия по набору эколого-экономических параметров становится подчиненной задаче повышения эколого-экономической эффективности региональной экономической системы в целом. В основу метода положена базовая ориентированная по входам модель анализа среды функционирования с постоянной отдачей от масштаба. Апробация метода проведена на примере согласования экологических приоритетов ОАО «ОГК-2» и Красноярского края.