Проблема вывода региональных экономических систем на траектории устойчивого развития остается актуальной в течении всего периода реформирования российской экономики. Снижение негативного воздействия экономики на окружающую среду является проблемой не только инвестиционного и технологического, но и научно-методологического характера, так как при разработке проектов экономического развития территорий лицам, принимающим решения, необходимо учитывать разнонаправленный характер социальных, экологических и экономических эффектов. Отсутствие полного понимания экологической составляющей процессов производства и потребления, а также практики обязательного использования методологии анализа жизненного цикла продукции (Life Cycle Analysis), может привести к неожиданным и нежелательным последствиям, когда положительный эффект от снижения негативного воздействия на окружающую среду по одному параметру (или группе параметров) полностью нивелируется увеличением нагрузки на экосистемы по другому параметру (или группе параметров). Целью настоящей работы является разработка метода экологического анализа среды функционирования (АСФ) применительно к решению проблемы оценки эффективности деятельности региональных экономических систем по широкому спектру экологических, экономических и социальных критериев в отсутствии полной информации о функциональных зависимостях между экологическими и экономическими параметрами.