В современных условиях развития экономики современной России происходит выраженный перенос акцентов стратегического управления на уровень регионов и их объединений. Динамика обобщенных мезоэкономических показателей сопровождается негативными тенденциями стагнации депрессивных территорий, усиления межрегиональной асимметрии, повышения неопределенности бизнеса в отношении перспектив инвестиционного развития территорий базирования, углубления социально-экономических диспропорций регионов и субрегиональных образований. С целью установления эффективности использования направлений и выявление резервов регионального развития, при формировании концепции инновационного развития депрессивного региона на долгосрочную перспективу рассмотрены сценарии инновационного развития российских регионов. Выравнивания дифференциации регионального развития, формирование инновационных зон, является обязательным условием экономического и социо-культурного развития страны. Ключевые слова: сценарии, пространственное инновационное развитие, регион, управление.