В статье исследованы направления влияния национальной инновационной системы на эффективность финансово-хозяйственной деятельности промышленных предприятий. Происходящая в настоящее время замена движущих социально-экономических сил с материальных на нематериальные обуславливает возрастание значимости инновационной деятельности для обеспечения стабильного и устойчивого развития предприятий промышленности. Наблюдается институционализация взаимодействия науки и техники. Роль национальной инновационной системы состоит в том, что она способствует трансферу инноваций из сферы науки в сферу производства, детерминирует его эффективность. Определены проблемы становления и развития национальной инновационной системы в России, выявлены принципиальные направления их решения.