В статье выявлена и обоснована специфика формирования и применения новых технологий контроллинга в предпринимательских структурах в аспекте их значимости для обеспечения роста эффективности финансово-хозяйственной деятельности экономических субъектов. Выявлено значение контроллинга как инструмента планирования в предпринимательских структурах, позволяющего повысить эффективность использования производственных ресурсов в результате планирования их потребности, контроля за их расходованием и координации процессов их вовлечения в хозяйственный оборот. Выявлен потенциал системы контроллинга для обеспечения эффективности деятельности предпринимательских структур. Обоснованы особенности функционирования системы контроллинга в российских предпринимательских структурах, разработан организационно-экономический механизм функционирования системы контроллинга экономических субъектов.