Рассматривается проблема рационального использования и развития производственного потенциала предприятий оборонно-промышленного комплекса, входящих в интегрированные структуры (прежде всего, госкорпорации). Предложены методы оценки эффективности управления на уровне интегрированной структуры ресурсами входящих в нее предприятий, в т.ч. использованием и развитием мощностей отдельных производств. Разработан интегральный показатель эффективности управления использованием производственных мощностей, который можно вычислить на основе непосредственно измеримых величин. Разработан показатель эффективности развития производственного потенциала отдельных предприятий в составе интегрированных структур, и обоснованы оптимальные принципы выбора получателей инвестиций – как при сохранении полного цикла производства на каждом предприятии, так и при специализации предприятий в составе интегрированных структур. Обоснованы организационно-экономические механизмы, способствующие принятию оптимальных инвестиционных решений с учетом асимметрии информации и оппортунизма руководителей отдельных предприятий. На основе проведенного анализа разработаны структура и алгоритмы функционирования системы управления использованием и развитием производственного потенциала интегрированных структур.