Предложена модель координации стратегий предприятий-партнеров при внедрении инновационной продукции. Она учитывает специфику отраслей оборонно-промышленного комплекса и может использоваться при обосновании стратегии внедрения инновационных технологий. С помощью предложенной модели проведен анализ эффективности различных механизмов координации стратегий предприятий при внедрении инновационных технологий. Рассмотрены механизмы компенсаций участникам нереализованных инновационных проектов. Также проанализировано влияние институциональных факторов на эффективность этих механизмов. Доказана необходимость централизованно управляемого внедрения инновационных технологий при реализации программ модернизации и импортозамещения.