Разработан экономико-математический инструментарий оценки влияния отраслевой структуры на себестоимость производства продукции в отраслях оборонно-промышленного комплекса. Предложен инструментарий анализа себестоимости разработки и производства наукоемкой продукции при вертикально интегрированной и сетевой структуры отрасли. Рассмотрена эффективность перехода от полного цикла производства к сетевой структуре отраслей оборонно-промышленного комплекса.