В работе рассматриваются различные подходы к оптимизации системы регулирования негативного воздействия объектов электроэнергетики на окружающую среду. Показано, что внедрение стандартов «чистой» энергетики и других механизмов стимулирования перехода объектов электроэнергетики на более энергоэффективные и экологически чистые способы генерации энергии должно сопровождаться глубоким анализом возможных экологических, экономических и социальных последствий в долгосрочном периоде. Решение подобного рода практических задач сопряжено с моделированием оптимальной структуры региональной энергетической системы, что может быть выполнено с использованием методологии анализа среды функционирования – непараметрического метода оптимизации. В статье выполнена постановка задачи анализа среды функционирования с использованием концепции слабой устранимости нежелательных выходов производственных единиц в качестве которых рассматриваются выбросы парниковых газов. Проанализированы возможности расширения модели за счет включения в рассмотрение различных технологий генерации энергии и негативных экологических эффектов.