В работе рассматриваются проблемы управления, возникающие в процессе реформы железнодорожного транспорта, проводимой в соответствии с «Целевой моделью рынка грузовых железнодорожных перевозок на период до 2015г.». На первом этапе этой реформы, в процессе приватизации грузовых железнодорожных вагонов, возникла конкуренция на рынке оперирования вагонами и предоставления их под перевозку. Число вагонов резко возросло, однако эффективность их работы существенно снизилась. В результате, возник дефицит вагонов под погрузку, вырос порожний пробег, период оборота вагонов, простои на станциях, ценовая нагрузка на грузоотправителей. Обсуждаются возможности продолжения реформы, в частности, отделения перевозок от инфраструктуры. Причина - в нехватке локомотивов, которую реформаторы предлагают преодолеть путем привлечения частных инвесторов. Показано, что особенности структуры и технологии организации грузовых перевозок на сети железных дорог требуют сохранения единого управления ими, в интеграции с управлением тягой и инфраструктурой общего пользования.