Проблема управления природоохранной деятельностью в настоящее время приобретает статус одной из самых приоритетных и острых проблем. Достаточно сложно одновременно сохранять темпы экономического роста и минимизировать негативные последствия антропогенного воздействия на природу. В настоящей работе проведен анализ нормативно-правовой базы в сфере охраны природы с точки зрения стимулирования внедрения эко-инноваций, разработаны предложения по ее совершенствованию, определены проблемы, препятствующие широкому внедрению в практику предприятий и организаций систем экологического менеджмента (СЭМ). Сделан вывод о том, что существенные позитивные изменения в сфере охраны окружающей среды и ресурсосбережения возможны лишь при условии разработки и внедрения систем регионального экологического менеджмента, позволяющих достичь эффективных результатов посредством учета изменения показателей, характеризующих хозяйственную деятельность в процессе управления развитием региональной социально-экономической системы.