Описывается теоретические основы построения прикладного программного обеспечения компьютерного анализатора изображений «Морфолог-сеть». Основное внимание уделено модели описания изображений микрообъектов разной степени сложности: клеток крови, сперматозоидов, клеток и эпителиальных структур при раке предстательной железы. Приводятся также примеры использования модели для решения ряда частных задач.