Рассматривается подход к разработке системы управления межрегиональными автобусными перевозками на базе методологии коллективной многовариантной экспертизы. Предложен метод независимой многовариантной экспертизы, учитывающий специфику задачи. Разработанный метод НМВЭ включает шесть основных этапов: формирование списка кандидатов в эксперты, формирование списка относительно независимых проблем, оценка компетентности потенциальных экспертов, формирование экспертных комиссий, работа созданных экспертных комиссий (основу которой составляет процедура перекрёстной экспертизы), формирование итогового проекта решения задачи и передачи его ЛПР. В статье приведены предварительные результаты применения метода НМВЭ к задаче регулирования рынка межрегиональных автобусных перевозок между Северокавказским федеральным округом и Москвой.