В статье рассмотрены направления повышения эффективности управления информационной системой инновационного развития. Рассмотрена система принятия решений и координации реализации инновационной политики,механизмов эффективного взаимодействия всех уровней информационной системы страны. Главная цель, которой обеспечение эффективности политики инновационного развития и координацию всех уровней национальной инновационной системы на национальном, отраслевом и региональном уровнях.Ключевые слова: информационная система, инновационное развитие, управление.