Предложена методология анализа путей развития сложных организационных систем, отражающая комплекс различных аспектов функционирования моделируемой системы. Исследована динамика целеполагания, выполнения операций процеса, взаимовлияния факторов - показателей деятельности системы, а также связи между ними. Для анализа применен формальный аппарат, базирующийся на сетях Петри и графах приращений.