В статье сформулированы главные методологические позиции, необходимые для определения роли экономической науки в полном противоречий и неоднозначностей социальном мире, формирования принципов и критериев, обуславливающих предназначение и направления развития экономической теории. Выделены две основные формы взаимодействия трансакционных и трансформационных издержек, представляющие собой общий потенциал издержек рассматриваемой экономической системы.