Работа посвящена моделированию взаимного расположения элементов протяжённых пространственных объектов сложной природы на примере ДНК-белковых комплексов. Распознавание специфической нуклеотидной последовательности ДНК связывающим белком определяется «прямыми контактами» между атомами аминокислот белка и атомами нуклеотидов ДНК. Многочисленные исследования, посвящённые изучению групп гомологичных белков, позволяют определить важные для распознавания и связывания аминокислоты в рамках данной группы, однако общих, универсальных правил или «кода» распознавания для всех белков по-прежнему не найдено.