В работе рассматривается возможность использования алгоритмов фильтрации для совместного оценивания координат углового движения, упругих колебаний и идентификации их нестационарных параметров, при управлении ориентацией деформируемых космических аппаратов (ДКА), динамика которых описывается в модально-физической форме. Использование полученных оценок для формирования сигнала управления, позволяет создать дополнительное изменение в управляющем моменте, которое компенсирует влияние упругих колебаний на динамику движения ДКА. Приведенные результаты математического моделирования синтезированного алгоритма подтвердили его сходимость, устойчивость и высокую точность.