В работе изучена проблема распространения новых знаний в региональном инновационном кластере по внутреннему информационному пространству научно-инновационной сети. Показано, что изначальная неоднородность уровня знаний и компетенций агентов, составляющих инновационную сеть, может привести к разрыву обучающих связей между множествами агентов сети, т.е. в сети и, как следствие, региональном инновационном кластере, может произойти расслоение агентов по уровню знаний (стратификация). Стратификация позволяет снизить уровень неопределенности при принятии решений относительно инновационной деятельности в том случае, если некоторые агенты сети принимают на себя функции медиаторов, ответственных за координацию процесса диффузии знаний.