Рассмотрены принципы организации процесса обработки данных в автоматизированных системах экологического мониторинга. Показана возможность распараллелить этот процесс за счет новой организации существующих технических средств и программного обеспечения. Обоснована целесообразность перевода систем экологического мониторинга на массивно-параллельную архитектуру. Предложенная структура позволяет существенно улучшить технико-экономические показатели системы.