В экономике знаний одним из общепризнанных путей получения экономическим агентом доступа к новым знаниям и технологиям является формирование альянсов с другими экономическими агентами. Объединение компетенций партнеров при проведении совместных исследований и разработок позитивно влияет на инновационную деятельность, хотя при этом происходит частичная конвергенция компетенций партнеров, что в долгосрочной перспективе может привести к унификации компетенций агентов экономической системы и снизить их инновационную активность. В работе исследована зависимость между качеством информационных технологий, используемых при организации партнерства в сфере исследований и разработок, и эффективностью инновационной деятельности. Доказано, что при повышении качества электронных коммуникаций в экономической системе происходит неизбежное расслоение экономических агентов по уровням знаний (стратификация). Предложен синергетический сценарий стратификации.