В настоящей работе показано, что одной из мировых тенденций развития среды генерации знаний в современных условиях является размывание границ между фундаментальными научными исследованиями и инновационной деятельностью. Однако в различных институциональных системах на уровне региона данная тенденция проявляется по-разному. В связи с этим предложена классификация институциональных систем инновационной деятельности по признаку, характеризующему степень интеграции образовательного процесса, фундаментальных и прикладных исследований. Институциональные системы с четким разделением функций институтов на образовательную, исследовательскую (поисковые и фундаментальные исследования) и инновационную (прикладные, ОКР, экспериментальные работы) будем называть линейными. Институциональные системы с высокой степенью интеграции всех трех компонентов в пределах одних и тех же институтов определены как конвергированные. Институциональные системы с высокой степенью интеграции двух из трех вышеобозначенных компонент в рамках одних и тех же институтов, названы интегрированными. В работе показано, что на практике возможны два типа интегрированных институциональных систем – интегрированная научно-образовательная система и интегрированная научно-инновационная. Проанализирована институциональная система инновационной деятельности в Краснодарском крае, определен ее тип, предложены направления совершенствования.