Первым местом работы будущего академика Бориса Николаевича Наумова был Институт автоматики и телемеханики, в который он пришёл по окончании МЭИ в 1950 г. За 17 лет, проведённых в стенах ИАТа — а Б. Н. Наумов был учеником Якова Залмановича Цыпкина, — из молодого научного сотрудника он превратился в крупного специалиста по нелинейным системам автоматического управления. Уже были защищены кандидатская (1955 г.) и докторская (1965 г.) диссертации, и — когда Б. Н. Наумову исполнилось 40 лет (1967 г.) — ему предложили возглавить Институт электронных управляющих машин.

Свои незаурядные организаторские способности Борис Николаевич уже продемонстрировал, принимая активнейшее участие в организации Всесоюзных совещаний по автоматическому управлению, причём, являясь одним из создателей Международного комитета по автоматическому управлению (ИФАК), он был одним из главных организаторов проходившего в Москве Первого Конгресса ИФАК.

К 1967 г. за его плечами был год стажировки (1958 — 1959 гг.) в знаменитом Массачусетском технологическом институте, где Борис Николаевич познакомился и часто общался с Норбертом Винером. Предложение занять пост директора ИНЭУМа стало для Б. Н. Наумова естественным продолжением пути, по которому он двигался и в жизни, и в науке — от частного ко всё более общему. Бориса Николаевича уже давно занимала проблема постоянного расширения приложений теории управления в отсутствие серийно выпускаемых и эффективных управляющих цифровых систем. Следующие 17 лет (снова 17) он посвятил работе на посту директора ИНЭУМа. На этом отрезке жизни с его именем связывают:

• разработку и внедрение в серийное производство управляющих вычислительных комплексов семейств АСВТ-М и СМ ЭВМ (последние в течение многих лет служили базой для систем автоматизации научных исследований, информационно-вычислительных комплексов, автоматизации проектирования, управления в народном хозяйстве);
• постановку вопроса и организацию работ по созданию программного обеспечения микропроцессорных комплексов, сетей ЭВМ, комплексов со спецпроцессорами (в том числе со спецпроцессором Фурье, позволившим построить карту Венеры);
• создание Института проблем информатики АН СССР — ИПИ АН СССР, который был задуман Б. Н. Наумовым как научный центр, в котором должны решаться задачи в области ЭВМ массового применения (последние 5 лет жизни Борис Николаевич был директором ИПИ АН СССР).

Будучи генеральным конструктором международной системы СМ ЭВМ (за это Б. Н. Наумов был удостоен Государственной премии), он внёс существенный вклад в организацию международного сотрудничества в области вычислительной техники.

При его активном участии коллективами учёных АН СССР и академий наук восточноевропейских стран, или, как их тогда называли, стран народной демократии, была разработана «Концепция новых поколений вычислительных систем». Б. Н. Наумов был организатором и генеральным директором Межотраслевого научно-технического комплекса «Персональные ЭВМ».

Кроме того, он являлся иностранным членом академий наук ГДР и ЧССР и главным редактором международного (восточноевропейского) журнала «Вычислительные системы новых поколений».