Работа посвящена исследованию проблемы безопасности регионального социально-экономического развития. Рассмотрены основные особенности управления региональными социально-экономическими системами. Показано, что практика управления региональным развитием должна базироваться на использовании комплекса различных методов управления, основанных как на прямом, так и на косвенном воздействии. Показано, что взаимосвязь и взаимодействие данных методов управления является важнейшим требованием эффективного управления региональным развитием. В качестве инструмента поддержки подобного комплексного управления исследования обосновано использование математического аппарата сценарного моделирования и прогнозирования, основным преимуществом которого является возможность прогнозирования наиболее важных событий в развитии ситуации в процессе управления крупномасштабными системами, а также формирования спектра альтернативных сценариев, позволяющих не только оценивать управленческие решения, но и выявлять новые возможности достижения поставленных целей управления в условиях неполной информации и неопределенности