Основные направления научной деятельности Института проблем управления им. В. А. Трапезникова РАН, утверждённые Президиумом Российской академии наук 18 марта 2008 г.:

• Теория систем и общая теория управления;
• Методы управления сложными техническими и человеко-машинными системами;
• Теория управления в междисциплинарных моделях организационных, социальных, экономических, медико-биологических и экологических систем;