Необходимость развития существующих подходов и научно-технических решений в области обеспечения информационной безопасности вызвана стремительным развитием киберфизических систем, требующих адаптации механизмов защиты под новые архитектуры, технические ограничения и особенности функционирования. Одним из важных, но слабо рассмотренных в мировой литературе направлений защиты киберфизических систем, остаются вопросы построения эффективных протекторов, нивелирующих угрозы нарушения доступности интерфейсов взаимодействия на прикладном уровне. Нарушение доступности подсистем управления для рассматриваемых объектов может привести к трагическим последствиям, в связи с чем требуется уже сейчас проводить комплексный анализ и модернизацию подходов к их защите от атак типа DDoS. В данном исследовании предлагается подход к обеспечению защиты интерфейсов управления киберфизической системой от внешних воздействий, направленных на нарушение доступности за счет отсутствия технических возможностей эшелонирования защиты прикладного программного обеспечения. В качестве объекта киберфизической системы был использован виртуальный полигон беспилотных транспортных средств. Приводится анализ применимости существующих подходов к защите от атак прикладного уровня для выбранного класса объектов, предлагается адаптированный подход к защите объекта и проводится исследование его эффективности.