Большинство юридических лиц в России являются малыми и средними предприятиями, поэтому развитие инновационной деятельности малых предприятий является важным элементом роста экономики государства. В условиях цифровой экономики ведение инновационной деятельности становится фактором, обеспечивающим конкурентоспособность предприятия, поэтому важность ведения инновационной деятельности возрастает. Понимая важность инновационной деятельности, необходимо разработать методику оценки инновационной деятельности малого предприятия, учитывающую специфику цифровой экономики для того, чтобы руководство предприятия могло оценить уровень и составить план инновационного развития предприятия. Для этого в статье разобран понятийный аппарат инноваций, описаны существующие методики оценки, описаны их минусы, приведены современные технологии и методы управления, которые необходимо учитывать при оценке предприятия в условиях цифровой экономики. Рассмотрена инновационная инфраструктура и методика ее оценки. Предложена методика оценки инновационной деятельности малого предприятия и методика оценки социально-экономического эффекта от инновационной деятельности.