Целью работы является рассмотрение методологии проектирования интеллектуальных моделей социо-кибер-физических систем, учитывающих сочетание кибернетических характеристик hard-ware, soft-ware и специфику человеческого фактора разработчиков и пользователей. Для обеспечения индивидуальности конструктивных решений этих систем, согласно требованиям заказчика, в проектировании моделей использован системный анализ. Такую методологию предложено реализовать с помощью оптимизации дерева целей, определяющего вектор развития проектируемой модели по критерию важности их достижения; дерева информации определяющего структуру базы знаний, оптимизируемой по критерию стоимости получения ресурсов; дерева задач, позволяющего оптимизировать разработку социо-кибер-физической системы по критериям двух построенных деревьев. Интеллектуальность проектируемой модели определяется автоматизацией управления вектором ее развития согласно динамике полезности достижения поставленных целей. В связи с практическими ограничениями на количество имеющихся ресурсов поставлена задача оптимизации плана построения социо-кибер-физической системы, дающей максимально ценные решения, при ограничениях на их стоимость. Предложенная методология применима к широкому классу задач, включая оптимальное распределение семплов в районированной выборке, решение квадратичной задачи и т. д. В рассмотренной постановке, построение социо-кибер-физических систем относятся к NP-полным задачам. Пока не известен регулярный алгоритм, решающий их за разумное время, поэтому требуется выбор между точными алгоритмами, неприменимыми при размытых ограничениях, характеризующих человеческий фактор, и приближениях, позволяющих решать поставленные задачи, быстрее детерминированных или эвристических методов, но не гарантирующих строгость оптимальности найденных решений.