В докладе дается описание технологий и разработанных прототипов программных средств для поддержки принятия решений о включении в инновационную программу наиболее эффективных проектов и распределении средств для их финансирования. Приводится пример использования программных средств для ранжирования проектов при формировании инвестиционных программ и внедрения энергоэффективных технологий использования новых видов энергии для тяги поездов и расчета размещения финансирования в сетевой мультипроектной структуре. Предлагается для проведения анализа и оценки инновационных проектов использовать метод, основанный на иерархической процедуре матричных сверток исходных показателей. Эта технология сверток позволяют оценивать более гибко и адекватно, по сравнению с традиционными, в том числе, линейными свертками, комплексную эффективность проектов. Автоматизация предлагаемой технологии дает возможность достаточно оперативно и наглядно решать соответствующие прикладные задачи.