В статье рассмотрены проблемы безопасности программного обеспечения крупномасштабных систем, которые составляют основу национальных цифровых экономик и критических информационных инфраструктур. Предложена расширенная система критериев безопасности программного обеспечения, рассмотрены вопросы доверия к его безопасности. Предложен метод обеспечения безопасности программного обеспечения, основанный на интеграции требований информационной безопасности и технологической независимости программного обеспечения. Представлен пример реализации предложенной методологии обеспечения безопасности программного обеспечения объектов цифровых экономик и критических информационных инфраструктур