В статье рассмотрена проблема обеспечения экономической безопасности как условие эффективного развития регионов. Авторы определяют проблему, обращая внимание на повышение значимости исследования экономической безопасности для всех стран мира и высокую значимость для России, проводят анализ существующих подходов ее оценки, выявляют их общие черты, предлагают и апробируют методику компаративного анализа относительной экономической безопасности регионов. Особенность методики состоит в масштабах объектов исследования, оптимизации числа показателей, приемлемости, динамическом характере и учете взаимозависимости факторов экономического и социально-экономического развития. Методика основывается на применении компаративного анализа, определения пороговых значений, определения средних значений, табулирования и кластеризации, а ее цель состоит в выявлении степени относительной экономической безопасности регионов России. Апробация методики позволила выявить регионы, относящиеся к каждой из групп, и позволила сформулировать необходимость формирования и реализации федеральных программ, способствующих снижению неравномерности развития регионов, целевых программ образования инновационных кластеров и возрождения советского опыта соревнования между субъектами.