Разработан метод расчета оценок первичных связей в многофакторной системе взаимодействий по оценкам наблюдений. Экспертные данные формализованы с помощью схемы взаимодействий, использующей линейные операции. Транзитивное замыкание первичных связей формирует матрицу оценок полных связей. Прямая задача заключается в расчете матрицы оценок полных связей на основании матрицы оценок первичных взаимодействий. Дано обоснование процедуры решения прямой задачи на основании гипотезы системного ответа, формируемого первичными взаимодействиями. Эта процедура задает прямое преобразование. Обратная задача заключается в получении оценок первичных связей в предположении, что наблюдения позволяют получить оценки полных связей. Предложен метод расчета весов первичных связей исходя из оценок полных связей, производимого с помощью обратного преобразования оценок связей. Приведен пример расчета первичных оценок для схемы автономного развития экономической системы. Рассмотрена проблема сходимости вычислительного процесса. Дан вариант интерпретации результатов расчета.