Определены субъекты управления энергоэффективностью и инновационной деятельностью на железнодорожном транспорте. Выявлена проблема согласования системы управления научно-техническим развитием, регламентирующей инновационную деятельность в области энергоэффективности, с системой энергетического менеджмента, как подсистемой корпоративного управления производством. Эта проблема является частью более общей проблемы согласования системы управления научно-техническим развитием корпорации с системой управления её производством. Предложен механизм включения в план научно-технического развития инновационных проектов энергосбережения и повышения энергетической эффективности. Разработана сетевая процедура планирования разработки и внедрения инновационных средств и технологий энергоэффективности. Предложена иерархически-сетевая cистема механизмов управления разработкой и внедрением инновационных энергоэффективных средств и технологий.