Проведен сравнительный анализ применимости нескольких методов решения динамических задач анализа среды функционирования (АСФ) к вопросам мониторинга эколого-экономической эффективности хозяйственной деятельности региональных экономических систем (на примере регионов Центрального федерального округа). Рассматриваются метод формирования временных рядов на основе точечных оценок эколого-экономической эффективности, метод Малкмвиста и метод окна. Анализируются на устойчивость и адекватность результаты, полученные при различной ширине окна. Сравнение полученных результатов позволяет сделать вывод об однозначной предпочтительности метода окна для решения задач мониторинга эколого-экономической эффективности регионов не только с вычислительной, но и с содержательной точки зрения.